COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 33.730790 33.730790 30.408074
2021-01-06 17:00:00 26.850592 26.850592 30.133023
2021-01-05 17:00:00 28.210302 28.210302 29.807104
2021-01-04 17:00:00 30.493831 30.493831 29.671917
2021-01-03 17:00:00 32.148499 32.148499 29.848593
2021-01-02 17:00:00 38.852583 30.569807 29.847119
2021-01-01 17:00:00 31.725468 31.725468 29.770895

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 30.411687 30.411687 28.793599
2021-01-06 17:00:00 25.172414 25.172414 28.536153
2021-01-05 17:00:00 25.448029 25.448029 28.403983
2021-01-04 17:00:00 28.470588 28.470588 28.247978
2021-01-03 17:00:00 24.909747 24.909747 28.200567
2021-01-02 17:00:00 24.468085 24.468085 28.140211
2021-01-01 17:00:00 40.877368 40.877368 28.013253

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 18.787879 18.787879 22.038522
2021-01-06 17:00:00 24.676851 20.716113 22.152470
2021-01-05 17:00:00 14.322251 14.322251 22.569157
2021-01-04 17:00:00 21.578947 21.578947 22.892703
2021-01-03 17:00:00 25.471698 25.471698 23.143363
2021-01-02 17:00:00 39.000000 39.000000 23.520264
2021-01-01 17:00:00 31.643002 31.643002 23.526699

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 20.663995 20.663995 14.795858
2021-01-06 17:00:00 13.611491 13.611491 14.222687
2021-01-05 17:00:00 7.528711 7.528711 13.676206
2021-01-04 17:00:00 15.272979 15.272979 13.595795
2021-01-03 17:00:00 10.630758 10.630758 13.665282
2021-01-02 17:00:00 20.348837 20.348837 13.692631
2021-01-01 17:00:00 19.360269 19.360269 13.602687

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 16.202064 16.202064 18.965114
2021-01-06 17:00:00 9.308348 21.038041 18.514544
2021-01-05 17:00:00 16.408300 16.408300 18.793529
2021-01-04 17:00:00 18.844601 18.844601 18.979697
2021-01-03 17:00:00 14.671723 14.671723 19.249180
2021-01-02 17:00:00 19.959267 19.959267 19.551154
2021-01-01 17:00:00 10.591900 17.058963 18.494102

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 53.725585 53.725585 43.923385
2021-01-06 17:00:00 26.657645 26.657645 43.162221
2021-01-05 17:00:00 42.869342 42.869342 42.274074
2021-01-04 17:00:00 55.690915 55.690915 41.671118
2021-01-03 17:00:00 34.921245 34.921245 40.717120
2021-01-02 17:00:00 77.112543 77.112543 40.479126
2021-01-01 17:00:00 58.604547 58.604547 40.257831

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 37.444196 37.444196 36.596948
2021-01-06 17:00:00 43.193158 43.193158 37.566716
2021-01-05 17:00:00 40.952381 40.952381 37.434932
2021-01-04 17:00:00 38.865837 18.246753 37.498109
2021-01-03 17:00:00 30.349014 30.349014 37.679520
2021-01-02 17:00:00 46.262887 46.262887 37.818381
2021-01-01 17:00:00 39.766407 39.766407 37.972280

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 29.798995 29.798995 29.106515
2021-01-06 17:00:00 31.651159 31.651159 28.898092
2021-01-05 17:00:00 25.320371 25.320371 28.443970
2021-01-04 17:00:00 32.355081 32.355081 28.017084
2021-01-03 17:00:00 27.946800 27.946800 27.747903
2021-01-02 17:00:00 31.843157 31.843157 27.501893
2021-01-01 17:00:00 27.340289 27.340289 27.091717

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 37.051040 37.051040 33.567546
2021-01-06 17:00:00 28.515625 28.515625 34.450194
2021-01-05 17:00:00 29.618768 29.618768 34.619147
2021-01-04 17:00:00 31.240429 31.240429 34.664501
2021-01-03 17:00:00 31.936416 31.936416 34.724073
2021-01-02 17:00:00 49.271845 49.271845 33.364621
2021-01-01 17:00:00 41.658241 41.658241 33.215936

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 37.210848 37.210848 33.872346
2021-01-06 17:00:00 33.420129 33.420129 33.314234
2021-01-05 17:00:00 29.017567 29.017567 32.879325
2021-01-04 17:00:00 28.491251 28.491251 32.624246
2021-01-03 17:00:00 32.770853 32.770853 32.306576
2021-01-02 17:00:00 33.524629 33.524629 31.850832
2021-01-01 17:00:00 35.061955 35.061955 31.242941

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 15.813528 15.813528 17.610623
2021-01-06 17:00:00 17.021764 17.021764 17.768490
2021-01-05 17:00:00 14.100985 14.100985 17.997934
2021-01-04 17:00:00 15.295131 15.295131 18.248848
2021-01-03 17:00:00 26.571429 26.571429 18.573907
2021-01-02 17:00:00 20.070423 20.070423 18.123903
2021-01-01 17:00:00 21.868097 21.868097 18.168216

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 8.640407 8.640407 9.397322
2021-01-06 17:00:00 6.601467 6.601467 9.171762
2021-01-05 17:00:00 4.093567 4.093567 9.003647
2021-01-04 17:00:00 16.141732 16.141732 8.998394
2021-01-03 17:00:00 9.326425 9.326425 8.920212
2021-01-02 17:00:00 11.170213 11.170213 8.813855
2021-01-01 17:00:00 11.751663 7.198953 9.002324

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 45.739130 45.739130 45.413261
2021-01-06 17:00:00 58.287796 58.287796 44.523957
2021-01-05 17:00:00 64.069264 64.069264 44.252638
2021-01-04 17:00:00 11.708861 11.708861 43.203624
2021-01-03 17:00:00 51.891892 51.891892 42.246283
2021-01-02 17:00:00 36.595745 36.595745 39.919775
2021-01-01 17:00:00 40.909091 40.909091 38.996482

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 44.155844 44.155844 46.400291
2021-01-06 17:00:00 46.666667 46.666667 45.730952
2021-01-05 17:00:00 52.655889 52.655889 44.982225
2021-01-04 17:00:00 58.308157 58.308157 44.078277
2021-01-03 17:00:00 33.766234 33.766234 44.114619
2021-01-02 17:00:00 93.548387 30.129870 43.378550
2021-01-01 17:00:00 64.333333 64.333333 43.599543

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 41.711674 41.711674 42.538415
2021-01-06 17:00:00 34.489917 34.489917 41.883482
2021-01-05 17:00:00 39.777618 39.777618 41.636757
2021-01-04 17:00:00 36.647494 82.497946 41.011860
2021-01-03 17:00:00 42.078365 42.078365 40.371965
2021-01-02 17:00:00 43.127490 43.127490 39.827998
2021-01-01 17:00:00 38.416848 38.416848 39.340877

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 24.820552 24.820552 33.549030
2021-01-06 17:00:00 43.710257 43.710257 33.657839
2021-01-05 17:00:00 23.810573 23.810573 33.179465
2021-01-04 17:00:00 25.300722 25.300722 32.767004
2021-01-03 17:00:00 38.982355 38.982355 32.332596
2021-01-02 17:00:00 17.400101 17.400101 32.538881
2021-01-01 17:00:00 87.957125 87.957125 33.097181

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 19.417476 19.417476 13.378450
2021-01-06 17:00:00 13.426854 13.426854 12.764453
2021-01-05 17:00:00 9.535553 9.535553 12.204158
2021-01-04 17:00:00 11.397296 11.397296 12.029923
2021-01-03 17:00:00 15.532426 15.532426 11.791317
2021-01-02 17:00:00 15.632754 15.632754 11.440210
2021-01-01 17:00:00 12.731078 12.731078 11.282470

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 28.711485 28.711485 27.340866
2021-01-06 17:00:00 28.873720 28.873720 26.847107
2021-01-05 17:00:00 25.055644 25.055644 26.289404
2021-01-04 17:00:00 28.668590 28.668590 25.736195
2021-01-03 17:00:00 27.567141 27.567141 25.234451
2021-01-02 17:00:00 24.026187 24.026187 25.082840
2021-01-01 17:00:00 24.933333 24.933333 24.471192

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 22.218521 22.218521 16.170986
2021-01-06 17:00:00 9.980573 9.980573 16.093708
2021-01-05 17:00:00 13.041796 13.041796 15.881755
2021-01-04 17:00:00 18.912387 18.912387 15.835525
2021-01-03 17:00:00 13.206845 13.206845 15.787573
2021-01-02 17:00:00 25.369333 25.369333 15.914383
2021-01-01 17:00:00 17.613636 17.613636 15.919010

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 43.537415 43.537415 23.656857
2021-01-06 17:00:00 24.282715 35.626283 24.334927
2021-01-05 17:00:00 20.892857 20.892857 23.891095
2021-01-04 17:00:00 25.000000 5.544148 24.024090
2021-01-03 17:00:00 24.105012 24.105012 23.832940
2021-01-02 17:00:00 51.546392 51.546392 22.862265
2021-01-01 17:00:00 23.408624 23.408624 22.804367

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 36.666667 36.666667 18.445513
2021-01-06 17:00:00 14.606742 14.606742 18.022136
2021-01-05 17:00:00 4.827586 13.291139 17.040470
2021-01-04 17:00:00 6.053812 19.565217 17.167447
2021-01-03 17:00:00 7.592191 26.615970 17.147793
2021-01-02 17:00:00 2.167183 5.600000 17.608940
2021-01-01 17:00:00 12.318841 12.318841 17.872888

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-07 17:00:00 69.649429 69.649429 79.121249
2021-01-06 17:00:00 69.653456 69.653456 79.026403
2021-01-05 17:00:00 72.620419 72.620419 78.748989
2021-01-04 17:00:00 80.826526 152.090341 78.887665
2021-01-03 17:00:00 78.615774 78.615774 78.951271
2021-01-02 17:00:00 82.745098 82.745098 77.015183
2021-01-01 17:00:00 77.738230 76.783184 78.265496

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 30.411687 30.411687 28.793599
Basilicata 18.787879 18.787879 22.038522
Calabria 20.663995 20.663995 14.795858
Campania 16.202064 16.202064 18.965114
Emilia-Romagna 53.725585 53.725585 43.923385
Friuli Venezia Giulia 37.444196 37.444196 36.596948
Lazio 29.798995 29.798995 29.106515
Liguria 37.051040 37.051040 33.567546
Lombardia 37.210848 37.210848 33.872346
Marche 15.813528 15.813528 17.610623
Molise 8.640407 8.640407 9.397322
P.A. Bolzano 45.739130 45.739130 45.413261
P.A. Trento 44.155844 44.155844 46.400291
Piemonte 41.711674 41.711674 42.538415
Puglia 24.820552 24.820552 33.549030
Sardegna 19.417476 19.417476 13.378450
Sicilia 28.711485 28.711485 27.340866
Toscana 22.218521 22.218521 16.170986
Umbria 43.537415 43.537415 23.656857
Valle d'Aosta 36.666667 36.666667 18.445513
Veneto 69.649429 69.649429 79.121249
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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